معاونت پژوهشی در دانشگاه ادیان و مذاهب از اهمیتی به مراتب بیشتر از سایر بخش‌های دانشگاه برخوردار است؛ چراکه این مرکز علمی پیش از ارتقاء به رتبه علمی «دانشگاه»، چند سال به عنوان «مرکز تحقیقات و مطالعات ادیان و مذاهب» فعالیت داشته و این خاستگاه پژوهشی تا امروز در این دانشگاه حفظ شده است. از این رو برنامه آموزشی این دانشگاه مبتنی بر سرفصل‌های پژوهشی بوده و دانش‌­پژوه در کلاس‌های آموزشی، در مسیر تحقیق و گاه ترجمه با پژوهش‌هایی آشنا می‌شود که منابع اولیه آن رشته آموزشی به شمار می‌­آید. معاونت پژوهشی دانشگاه ادیان و مذاهب از آغاز تأسیس و به رسمیت شناخته شدن دانشگاه در محافل آکادمیک، تا کنون ده­‌ها طرح پژوهشی کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت را به صورت خرد و کلان در قالب کتاب، مقاله، و پایان‌نامه مدیریت کرده است.

این چشم­‌انداز پژوهشی در تهیه منابع کتابخانه مرکزی دانشگاه ادیان و مذاهب به‌عنوان یکی از کتابخانه‌­های مهم در زمینه ادیان و مذاهب لحاظ شده است. در این کتابخانه مهم‌ترین و جامع­‌ترین منابع مورد نیاز محققان و پژوهشگران ادیان و مذاهب به چندین زبان گردآوری شده است. کتابخانه تخصصی دانشگاه ادیان و مذاهب مجموعه‌ای کم‌مانند از منابع و مراجع مطالعاتی ادیان و مذاهب به چند زبان در ایران و منطقه است که امکان دسترسی آزاد به منابع کتابخانه را از طریق سیستم قفسه‌باز برای عموم محققان بدون هیچ محدودیتی فراهم کرده است. این کتابخانه همگام با پیشرفت‌های روز، دامنه خدمات خود را گسترش داده و نرم‌افزار کتابخانه را به google book  و nosa book متصل کرده است. در حال حاضر این کتابخانه دارای ۹۰۱۵۰ جلد کتاب فارسی و عربی، ۱۹۸۴۵ جلد کتاب لاتین، ۴۹ عنوان نشریه لاتین، ۱۶۳۰۰۰ رکورد مقالات فارسی، ۲۰۰ عنوان پایان نامه فارسی، 100 عنوان پایان نامه لاتین، ۳۰۰۰ لوح فشرده دیداری شنیداری به زبان فارسی، و ۱۲۰۰ لوح فشرده دیداری شنیداری به زبان لاتین می‌­باشد.

به‌علاوه معاونت پژوهشی دانشگاه ادیان و مذاهب تحت دو انتشارات به نام­‌های «انتشارات دانشگاه ادیان و مذاهب» و «نشر ادیان» تا کنون بیش از ۳۵۰ عنوان کتاب در حوزه ادیان و مذاهب و موضوعات مرتبط با آن منتشر کرده و تعداد قابل توجهی عنوان کتاب نیز در دست چاپ دارد.  آثار این دو مرکز نشر در سال‌های گذشته توانسته در جشنواره­‌های مختلف (مانند جایزه کتاب سال، کتاب سال دین، کتاب سال حوزه، کتاب فصل) رتبه‌­های برتر و شایسته تقدیر کسب کند. معاونت پژوهش دانشگاه ادیان ومذاهب به‌منظور مدیریت طرح‌های پژوهشی و بسترسازی برای پژوهش‌های بنیادی، کاربردی، توسعه‌ای و تألیف و ترجمه کتاب‌ها و مقالات سودمند، آیین‌نامه‌ای تنظیم کرده است که به موجب آن از پژوهش‌های مختلف دانشجویان و اساتید دانشگاه حمایت مالی به عمل می­‌آورد.

همچنین معاونت پژوهشی دانشگاه ادیان و مذاهب در حال حاضر هشت نشریه علمی دارد. از این میان به جز نشریه «هفت آسمان» که قدیمی‌ترین نشریه دانشگاه است و با رتبه علمی تخصصی منتشر می‌شود، دیگر نشریات عبارتند از: «Religious Inquiries»، «پژوهش‌های ادیانی»، «پژوهش‌نامه مذاهب اسلامی»، «پژوهش‌نامه امامیه» و «مطالعات تطبیقی مذاهب فقهی»، «شیعه‌پژوهی» و «مطالعات فقهی حقوقی زن و خانواده» که همگی دارای رتبه علمی پژوهشی هستند. البته  نشریه « Religious Inquiries» دارای درجه بین المللی است و در پایگاه بین المللی Scopus با درجه Q3 نمایه شده است. همچنین نه نشریه دیگر «الهیات و فلسفه معاصر»، «عرفان پژوهی»، «پژوهش‌های رسانه و ارتباطات»، «أضواء الحضارة الاسلامیة»، «الدراسات القانونیة المقارنة»، «الفصیح فی اللغة العربیة وآدابها»، «Islamic Inquiries»، «Ancient Iranian Studies» و «Family, Gender and Society» را به تازگی راه‌اندازی کرده است. اما مجله هفت آسمان از این نظر که نخستین مجله فارسی زبان در زمینه ادیان و مذاهب بوده است از اهمیت ویژه‌­ای برخوردار می­‌باشد. این مجله مشتمل بر دستاوردهای پژوهشی به ثمر نشسته­ پژوهشگران و محققان دانشگاه ادیان و مذاهب از آغاز شکل­‌گیری آن به عنوان مرکز مطالعات ادیان و مذاهب است. در این مجله که از سال 1378 آغاز به کار کرده‌ است، مهم‌ترین دستاوردهای پژوهشی مرکز مطالعات ادیان و مذاهب و دیگر محققان سراسر دنیا در قالب مقاله، مصاحبه و یادداشت چاپ می­‌شود. این مجله در میان مجلات تخصصی و روشنفکری از جایگاهی فاخر و حرفه­ای در نگاه ارباب جرائد و مطبوعات برخوردار است.

1. معاون پژوهشی (دکتر احمدرضا مفتاح)

معاون پژوهشی به لحاظ سازمانی بالاترین مقام را در معاونت پژوهشی داراست و مقام مافوق او، رئیس دانشگاه است. مدیریت امور پژوهشی و نیز مدیریت کتابخانه مرکزی و واحد نشریات تحت نظر معاون پژوهشی به فعالیت می­‌پردازند. در حال حاضر دکتر محمد معینی‌فر مسئولیت این پست را بر عهده دارد و وظایف و اختیارات او عبارتند از:

• برنامه‌ریزی، سازماندهی، هماهنگی و نظارت بر کلیه‌ی فعالیت‌های مدیریت امور پژوهشی و مدیریت اطلاع‌رسانی و انتشارات و واحد نشریات
• تهیه و تنظیم برنامه‌های سالانه و تقویم اجرائی فعالیت‌های معاونت پژوهشی
• تهیه و تدوین اصول اجرایی و برنامه‌های پژوهش، اطلاع‌رسانی، کتابخانه و ، انتشارات و نشریات علمی در قالب برنامه‌های کوتاه‌مدت و بلندمدت و مشخص کردن دستور جلسات شورای پژوهشی دانشگاه
• ارائه گزارش‌های پیشرفت کار برنامه‌های پژوهشی، امور کتابخانه مرکزی و انتشارات و نشریات علمی به رییس دانشگاه
• هماهنگی و نظارت بر تهیه، تدوین و انتشار نشریات علمی، چاپ کتاب‌ها و اطلاع‌رسانی
• هماهنگی و نظارت بر امور مراکز پژوهشی تابعه دانشگاه (مؤسسات، پژوهشکده‌ها و مراکز علمی- پژوهشی)
• ارائه برنامه‌های اجرایی پژوهشی برای رشد کمی و کیفی معاونت مربوطه با همکاری سایر اعضاء در راستای طرح جامع راهبردی و چشم‌انداز دانشگاه

2. مدیر کل امور پژوهشی (سیدعلی بطحایی)

یکی از مدیریتهایی که ذیل معاونت پژوهشی فعالیت می­‌کند مدیریت امور پژوهشی است. مقام مافوق این مدیریت، معاون پژوهشی است. در حال حاضر سیدعلی بطحایی مدیریت کل امور پژوهشی را در معاونت پژوهشی بر عهده دارد. وظایف و اختیارات این مدیریت عبارتند از:

• برنامه‌ریزی و هماهنگی جهت اجرای کلیه‌ی امور پژوهشی دانشگاه
• بررسی‌های لازم برای شناخت نیازهای تحقیقاتی جهت ارائه به شورای پژوهشی دانشگاه؛
• اجرای برنامه‌ها برای رشد کمی و کیفی معاونت پژوهشی با همکاری سایر اعضاء در راستای طرح جامع دانشگاه؛
• ایجاد بانک اطلاعاتی پژوهش‌ها، طرح‌ها و تحقیقات انجام شده و در دست اجراء به تفکیک موضوعات و حیطه‌های تخصصی و ارائه آن به مراجع ذی‌ربط؛
• برقراری ارتباط با قطب‌های علمی، پژوهشی و فرهنگی کشور به منظور شناخت طرح‌های تحقیقاتی و آموزشی و نیرو‌های تخصصی مورد نیاز آن‌ها؛
• تنظیم قرارداد با اعضای هیأت علمی، پژوهشگران و دانشجویان پژوهشگر مجری انجام طرح‌های پژوهشی بر اساس ضوابط و مقررات دانشگاه و تأیید گزارش‌های پیشرفت کار جهت پرداخت اقساط طرح‌های پژوهشی منعقده؛
• بستر‌ سازی برای جذب حمایت‌های مالی و معنوی جهت انجام فعالیت‌های پژوهشی دانشگاه؛
• اظهارنظر در خصوص کیفیت فعالیت‌های پژوهشی اعضاء هیأت علمی دانشگاه از قبیل چاپ مقالات در نشریات معتبر داخلی و خارجی (مجلات ISI، ISC و …)، مقالات ارائه شده در سمینارها و کنفرانس‌های داخلی و بین‌المللی، کتاب (تألیفی، تصنیفی و ترجمه‌ای)، گزارش علمی؛
• تأیید ناظران طرح‌های تحقیقاتی و صدور گواهی‌های مربوطه در روند اجرای طرح‌های پژوهشی؛
• انعقاد تفاهم‌نامه علمی و تحقیقاتی بین دانشگاه و ارگان‌های (علمی و تحقیقاتی) خارج از دانشگاه در چارچوب ضوابط و مقررات مربوطه؛
• تلاش برای جهت دهی و هدایت پایان‌نامه‌ها و رساله‌های دانشجویی در راستای برآورده شدن نیازهای پژوهشی دانشگاه؛
• بررسی و اظهارنظر در خصوص درخواست پژوهشکده‌ها و مراکز برای ایجاد رشته‌های میان رشته‌ای یا گروه پژوهشی جدید و ارائه آن به شورای دانشگاه؛
• انجام برنامه‌ریزی و اقدامات لازم جهت اخذ بورسیه و فرصت‌های مطالعاتی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و … برای اعضای هیأت علمی و پژوهشگران دانشگاه؛
• بررسی، تنقیح و انتشار گزارش‌های تحقیقی و توصیفی مربوط به بازدیدهای علمی از دانشگاه‌ها، مراکز و نقاط مختلف جهت بهره‌برداری دیگر حوزه‌ها؛
• برنامه‌ریزی برای تشکیل کارگروه‌های تخصصی بر حسب نیازهای درخواستی حوزه پژوهشی؛
• شناسایی و دعوت از محققین، صاحبنظران و مدعوین مرتبط با نشست‌های علمی، همایش‌ها، سمینارها و جلسات علمی و پژوهشی به شورای پژوهش؛
• معرفی پژوهشگران مستعد به واحدهای ذی‌ربط جهت استفاده از ظرفیت‌ها و توانمندی‌های ایشان در پیشبرد اهداف مدیریتی، پژوهشی دانشگاه؛
• برنامه‌ریزی و هماهنگی جهت برگزاری همایش‌ها، سمینارهای علمی و پژوهشی در سطح داخلی و بین‌المللی؛
• برنامه‌ریزی و هماهنگی جهت انجام کلیه‌ی امور مربوط به هیأت تحریریه نشریات دانشگاه؛
• اطلاع‌رسانی و فراخوان مقاله و دریافت مقالات از نویسندگان در داخل و خارج از دانشگاه جهت ارائه در همایش‌ها، سمینارها و نشریات علمی دانشگاه؛
• بررسی شیوه‌های مبادله اطلاعات و مدارک علمی با دیگر کشورها در زمینه‌ی طرح‌‌های پژوهشی انجام‌گرفته؛
• دبیری شورای پژوهشی دانشگاه و تنظیم و تدوین مصوبات این شورا؛
• معرفی پژوهشگران برتر دانشگاه در هفته‌ی پژوهش در دو مجموعه‌ی اعضای هیأت علمی و دانشجویان؛
• تهیه و تنظیم پرونده‌های اعضاء هیأت‌علمی پژوهشی (اعم از پژوهشکده‌ها و مراکز پژوهشی وابسته به دانشگاه) جهت صدور احکام استخدامی، تبدیل وضعیت، ترفیع، ارتقاء، مأموریت و … و نیز عقد قرارداد همکاری علمی حق‌التحقیقی مطابق با ضوابط و مقررات مربوطه و ارائه آنها به معاون آموزشی و تحصیلات تکمیلی پس از اخذ موافقت معاون پژوهشی دانشگاه؛
• انجام اقدامات اولیه در خصوص استخدام اعضای هیأت علمی پژوهشی و تبدیل وضعیت، ترفیع، ارتقاء، مأموریت و … آنان مطابق با ضوابط و مقررات مربوطه پس از موافقت معاون پژوهشی دانشگاه؛
• نظرخواهی از مراکز پژوهشی دانشگاه در جهت اعمال بازخورد یا اصلاحات مورد نیاز برنامه‌های پژوهشی.

3. مدیریت کتابخانه مرکزی (مهدی محمدی شجاعی)

یکی از مدیریتهایی که ذیل معاونت پژوهشی فعالیت می­کند مدیریت کتابخانه مرکزی است. مقام مافوق این مدیریت، معاون پژوهشی است. در حال حاضر مهدی محمدی شجاعی مدیریت کتابخانه مرکزی را در معاونت پژوهشی بر عهده دارد. وظایف و اختیارات این مدیریت عبارتند از:

• توسعه و گسترش ساختار فیزیکی و محتوایی کتابخانه مرکزی جهت انطباق آن با استانداردهای روز دنیا؛
• برنامه‌ریزی جهت یکپارچگی و اعمال اقدامات فنی (ایمنی و امنیتی) بر منابع موجود کتابخانه؛
• نظارت بر اجرای صحیح تعهدات از جمله ارتباط بین کتابخانه‌ای با مجامع و مراکز علمی و فرهنگی دانشگا‌ه‌ها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی داخلی و خارجی و …؛
• برقراری ارتباط با مراکز و مجامع علمی، کتابخانه‌ها و مراکز نشر کتب و … در داخل و خارج از کشور به منظور ایجاد یک سیستم منظم و کارآمد کتابداری؛
• ارائه خدمات به اساتید، دانشجویان و سایر افراد مجاز مطابق با اصول کتابداری با استفاده از روش‌های نوین؛
• گردآوری و تهیه‌ منابع، کتاب‌ها، اسناد و مدارک مربوط به پژوهش‌های انجام گرفته‌ی دانشگاه ادیان و مذاهب (پایان‌نامه‌ها، رساله‌ها و دیگر پژوهش‌های دانشگاه)؛
• دریافت کاتولوگ‌های ناشران داخلى و خارجى و جستجو در پایگاه‌های کتاب جهت اطلاع به دانشکده‌ها، اعضای هیأت علمی، پژوهشگران و …؛
• خرید مقالات داخل کشور و خارج از کشور؛
• نیازسنجی و برآورد هزینه‌های مربوط به خرید کتب داخلی و خارجی دانشگاه جهت ارائه به شورای پژوهشی دانشگاه؛
• ارائه منابع و تأمین اسناد و مدارک علمی الکترونیکی بصورت روزآمد و برنامه‌ریزی و اجرای برنامه‌های توسعه خدمات مرجع؛
• اداره امور مربوط به فعالیت‌های سمعی و بصری حوزه معاونت پژوهشی با همکاری مدیریت ارتباطات دانشگاه.

4. مدیریت واحد نشریات (دکتر سید محمدمهدی حسین پور)

یکی از بخش‌هایی که ذیل معاونت پژوهشی فعالیت می­کند واحد نشریات است. مقام مافوق این واحد، معاون پژوهشی است. در حال حاضر دکتر سید محمدمهدی حسین پور مدیریت نشریات را در معاونت پژوهشی بر عهده دارد. وظایف و اختیارات این واحد عبارتند از:

• ارائه مشاوره پژوهشی به دانشجویان و پژوهشگران جهت چاپ مقالاتشان در نشریات دانشگاه؛
• پذیرش داوران توانمند و متخصص برای ارزیابی مقالات نشریات؛
• دعوت از استادان برجسته و شناخته‌شده برای عضویت در سمت سردبیری نشریات؛
• دعوت از استادان برجسته و شناخته‌شده داخلی و بین‌المللی برای عضویت در هیئت تحریریه نشریات؛
• پذیرش مقالات علمی پژوهشی از نویسندگان داخلی و بین‌المللی؛
• چاپ مقالات در نشریات دانشگاه به صورت دوفصلنامه؛
• نمایه‌سازی نشریات در پایگاه‌های استنادی داخلی و بین‌المللی؛
• پایش اطلاعات داده‌شناختی مقالات چاپ‌شده نشریات دانشگاه در پایگاه‌های استنادی ISC, Web of Science, Scopus و ارائه گزارش از وضعیت نشریات به صورت مستمر؛
• نمایه‌سازی نشریات در شبکه‌های اجتماعی؛
• انعقاد قراردادهای همکاری پژوهشی با نویسندگان حائز شرایط.