هسته‌ی اولیه دانشگاه ادیان و مذاهب در سال 1373 شمسی توسط جمعی از طلاب و فضلای حوزه علمیه که نگاه تشکیل دادند. برنامه‌ی این جمع شناخت و کسب تخصص در سه حوزه ادیان ابراهیمی (مسیحیت و یهودیت)، ادیان شرق (بودیسم، هندوئیسم، خاور دور، و ایران باستان)، و مذاهب اسلامی (مذاهب کلامی) بود. این گروه با راه‌اندازی مرکزی به نام «مرکز مطالعات ادیان و مذاهب» در همان سال (1373) در دوره‌ای چهارساله علاوه بر کسب تخصص در این سه حوزه، با زبان‌های انگلیسی، عربی معاصر، سنسکریت، و عبری آشنا شدند. انگیزه این جمع علاوه بر معرفی اسلام راستین و تشیع ناب، فراهم کردن مقدمات گفتگوی ادیان و مذاهب بود.
این گروه مطالعات و تلاش‌های خود را در «مرکز مطالعات ادیان و مذاهب» تا سال 1383 بصورت جدی ادامه دادند و سرفصل‌هایی را برای سه رشته یاد شده تدوین کردند. وزارت علوم، تحقیقات و فناوری این سرفصل‌ها را تصویب کرد و در سال 1384 «مرکز مطالعات ادیان و مذاهب» به «مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان و مذاهب» ارتقا یافت. در این مرکز اولین گروه دانشجویی در مقطع تحصیلات تکمیلی مشغول به تحصیل شدند. اعضای هیئت علمی این مرکز سرفصل شش رشته دیگر را نیز که برای نخستین بار در کشور تدریس می‌شد به طور کامل تدوین و در وزارت علوم به تصویب رساندند.
«مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان و مذاهب» با موافقت قطعی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در سال 1387 به «دانشگاه ادیان و مذاهب» ارتقاء رتبه یافت و به تدریج تا سال 1395 پنج دانشکده به نام‌های «دانشکده ادیان»، «دانشکده مذاهب اسلامی»، «دانشکده شیعه‌شناسی»، «دانشکده فلسفه»، «دانشکده زن و خانواده» که هر کدام سه رشته را در برنامه آموزشی خود داشتند، تآسیس شدند و به جذب دانشجو در مقطع تحصیلات تکمیلی پرداختند. از سال 1395 تا کنون هشت دانشکده‌ی دیگر در دانشگاه تأسیس شده است که عبارتند از «دانشکده عرفان»، «دانشکده زبان و فرهنگ ملل»، «دانشکده فلسفه»، «دانشکده تاریخ»، «دانشکده دین و هنر»، «دانشکده رسانه و ارتباطات»، «دانشکده ملل» و «دانشکده حقوق».
همچنین «مرکز آموزش‌های الکترونیکی(غیر حضوری) دانشگاه ادیان و مذاهب» از سال 1391 با مجوز رسمی وزرات علوم، تحقیقات و فناوری کار خود را در دانشگاه ادیان و مذاهب آغاز نمود. این مرکز با بهره‌گیری از اساتید و آموزش‌یاران آشنا با فنون آموزش الکترونیکی، می‌کوشد آموزش رشته‌های این دانشگاه را رفته‌رفته در بخش غیرحضوری نیز گسترش دهد. در حال حاضر بیشتر رشته‌های دانشگاه ادیان و مذاهب بصورت مجازی نیز آموزش داده می‌شود.