تشكلت النواة الأصلية لجامعة الأديان والمذاهب في العام 1994 بواسطة نخبة من أساتذة وطلاب مركز الدراسات الدينية العليا. وكان الهدف المنظور لتلك النخبة اكتساب المعرفة العميقة والتخصصية في ثلاثة مجالات هي: الأديان الإبراهيمية (المسيحية واليهودية)، والأديان الشرقية (البوذية والهندوسية وأديان الشرق الأقصى والأديان الإيرانية القديمة)، والمذاهب الإسلامية (المذاهب الكلامية). وقد أسست تلك النخبة في العام نفسه (1994) مركزاً يحمل عنوان “مركز دراسات الأديان والمذاهب”، حيث بدأ هذا المركز فعالياته بإجراء دورة بحثية تستغرق أربع سنوات لدراسة المجالات الثلاثة المذكورة بأسلوب تخصصي، بالإضافة إلى دورات تدريبية لتعلم اللغات العربية والإنجليزية والسنسكريتية والعبرية. وقد كان الهدف الرئيس لتلك النخبة هو بيان الفكر والرؤية الإسلامية الأصيلة المبتنية على أسس ومبادئ مدرسة أهل البيت عليهم السلام، وتعزيز الجهود والطاقات المبذولة في مجال الحوار بين الأديان والمذاهب.
وتابع النخبة نشاطاتهم البحثية في “مركز دراسات الأديان والمذهب” حتى عام 2004، وخلال تلك الفترة قامت برسم الخطوط العريضة في الفروع الثلاثة المذكورة وصادقت عليها وزارة العلوم والدراسات والتكنولوجيا. وفي عام 2005 تم ترقية “مركز دراسات الأديان والمذاهب” إلى “مركز التعليم العالي لبحوث ودراسات الأديان والمذاهب”. وقام هذا المركز بعقد دورة دراسية للمجموعة الطلابية الأولى في مرحلة الدراسات التكميلية. كما قام أعضاء الهيئة العلمية لهذا المركز بتدوين الخطوط العريضة لستة فروع أخرى يجرى تدريسها للمرة الأولى في البلاد، وتمت المصادقة عليها في وزارة العلوم والدراسات والتكنولوجيا.
وفي عام 2007، تم ترقية “مركز التعليم العالي لبحوث ودراسات الأديان والمذاهب” إلى “جامعة الأديان والمذاهب” بموافقة وزارة العلوم والدراسات والتكنولوجيا، ومنذ ذلك التأريخ وحتى عام 2015، تم تأسيس خمس كليات في الجامعة وهي: “كلية الأديان” و”كلية المذاهب الإسلامية” و”كلية الدراسات الشيعية” و”كلية الفلسفة” و”كلية المرأة والأسرة”، واشتملت كل كلية من هذه الكليات الخمس على ثلاثة فروع. وبدأت هذه الكليات أنشطتها بقبول طلبات المتقدمين للدراسة فيها في مرحلة الدراسات التكميلية. ومنذ عام 2015 وحتى الوقت الراهن تم تأسيس ثمان كليات أخرى في الجامعة وهي عبارة عن: “كلية العرفان” و”كلية اللغة وثقافة الأمم” و”كلية التربية والتعليم” و”كلية التأريخ” و”كلية الدين والفن” و”كلية الإعلام والإتصال” و”كلية دراسات الشعوب الإسلامية” و”كلية الحقوق”.
وعلاوة على ذلك فقد بدأ “مركز التعليم الإلكتروني (التعليم الإفتراضي عبر وسائل التواصل الإلكترونية) لجامعة الأديان والمذاهب” فعالياته في عام 2011 بترخيص رسمي من وزارة العلوم والدراسات والتكنولوجيا. ويسعى هذا المركز لتوسيع نطاق التعليم الإفتراضي للفروع المتنوعة في الجامعة بصورة تدريجية بالإعتماد على الأساتذة المتمرسين في مجال أسلوب التعليم الإلكتروني. وتوفر جامعة الأديان والمذاهب في الوقت الحاضر فرص التعليم بصورة إفتراضية في أكثر الفروع.