شهر مقدس مشهد میزبان پیکر مطهر حضرت عالم آل محمد علیه السلام است، که اسوه‌ی ارتباط و گفتگو با سران ادیان و مذاهب بودند. مراکز آموزش عالی دانشگاهی و نیز حوزه علمیه خراسان که دومین حوزه علمیه کشور محسوب می‌شود فاقد رشته‌های تخصصی مرتبط با ادیان و مذاهب بود تا این که دانشگاه ادیان و مذاهب واحد مشهد در سال 1396 با انعقاد تفاهم‌ نامه‌ای با حوزه علمیه خراسان فعالیت خود را به صورت رسمی آغاز کرد.

در راستای این تفاهم نامه، دانشگاه ادیان و مذاهب در مشهد تاکنون موفق به برگزاری دوازده دوره کارشناسی ارشد و هفت دوره دکتری در رشته های شیعه شناسی، وهابیت شناسی، دین پژوهی، مذاهب کلامی، مذاهب اسلامی، ادیان ابراهیمی، فقه مقارن و حقوق جزای اسلامی، مطالعات زنان، مدیریت، مدیریت رسانه، علوم سیاسی و علوم ارتباطات اجتماعی گردیده است که در حال حاضر بسیاری از دانشجویان فارغ التحصیل و برخی در مرحله دفاع از پایان نامه خویش می‌باشند.