یکی از رشته های جدیدالتاسیس دانشکده عرفان به شرح ذیل می باشد:

رشته دکتری «عرفان اسلامی و اندیشه‌های امام خمینی» یک دوره کامل آموزش تخصصی، مطابق با ضوابط و مصوبات شورای عالی برنامه‌ریزی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ایران است که به عرفان اسلامی با رویکرد فرامعرفتی و میان‌رشته‌ای می‌پردازد و هدف آن نظام‌مند کردن میراث ارزشمند عارفان مسلمان به ویژه اندیشه‌های عرفانی امام خمینی است. این رشته می‌کوشد به گسترش تحقیقات آکادمیک در ارتباط با میراث یاد شده یاری رساند و پژوهش‌های بنیادی و کاربردی درباره آراء و اندیشه‌های امام خمینی را سازمان‌دهی کند.

دانش آموختگان در این رشته می‌توانند در حوزه‌های معرفتی عرفان از قبیل هستی‌شناسی، انسان‌شناسی، معرفت‌شناسی و اخلاق عرفانی به تدریس و پژوهش بپردازند و به پرسش‌های بنیادی در زمینه عرفان و معنویت پاسخ گویند. در کنار تخصص در مورد عرفان اسلامی دانش آموختگان به شناخت دقیق آراء و اندیشه‌های امام خمینی دست یافته و می‌توانند به معرفی این آراء و بکاربستن آنها در موارد کاربردی بپردازند.

داشتن مدرک فوق لیسانس یا معادل آن برای تحصیل در این رشته کافی است. این مدرک باید به تایید کنسولگری ایران در کشوری که صادر کننده آن است رسیده باشد. بر این اساس، لزومی بر تطابق رشته تحصیلی در مقطع قبلی با مقطع دکترا برای دانشجویان خارجی متقاضی تحصیل در این رشته وجود ندارد. هر فردی که خارج از ایران تحصیل کرده باشد با هر رشته‌ی تحصیلی در صورت داشتن صلاحیت علمی و موافقت اعضای هیئت علمی گروه می‌تواند در این دوره تحصیل کند. در واقع دانشجوی غیر مرتبط با رشته دکتری باید صلاحیت علمی خود را به هر طریق ممکن به اعضای هیئت علمی گروه اثبات کند. طبعا داشتن کتاب، مقاله علمی و ژورنالیستی و علاقه‌مندی شرکت در این رشته‌ می‌تواند در موافقت هیئت علمی گروه تاثیر گذار باشد.

طول دوره دکتری «عرفان اسلامی و اندیشه‌های امام خمینی» ۴ سال و برابر ۸ نیم سال تحصیلی است که ۴ نیم‌سال آن برای آموزش، یک نیم‌سال برای گذراندن آزمون جامع و سه نیم سال آن برای نگارش رساله دکتری می‌باشد. دانشجویان در سه ترم اول دروس اصلی را می‌گذرانند.

برنامه دکتری «عرفان اسلامی و اندیشه‌های امام خمینی» شامل 36 واحد درسی است که 18 واحد آن اصلی و 18 واحد نیز پایان نامه است. دروسی همچون «آراء اختصاصی امام در عرفان نظری»، «آراء اختصاصی امام در عرفان عملی»، «وجودشناسی عرفانی»، «جهان‌شناسی عرفانی»، «انسان‌شناسی عرفانی»، «عرفان وتفسیر قرآن» دروس اصلی‌اند. علاوه بر 8 واحد که در مرحله‌ی آموزشی به آراء اختصاصی امام در عرفان اختصاص یافته است، تحقیقات تحلیلی و تطبیقی در باب آراء یاد شده در مرحله پژوهشی انجام خواهد شد.