دانشکده مطالعات اسلامی در سال ۱۴۰۴ با ادغام دانشکده‌های «شیعه‌شناسی»، «قرآن و حدیث»، «تاریخ» و «مطالعات ملل اسلامی» تأسیس شده است. این دانشکده دارای رشته‌ای کاملاً به زبان انگلیسی است و برخی از رشته‌های آن در مقطع کارشناسی ارشد به‌صورت مجازی و در مقطع دکتری به‌صورت پژوهش‌محور ارائه می‌شوند. ریاست این دانشکده برعهده دکتر محمد جاودان، عضو هیئت علمی دانشگاه ادیان و مذاهب می‌باشد. گروه‌های این دانشکده عبارت‌اند از: تاریخ اسلام، علوم قرآنی، مطالعات اسلامی به زبان خارجی، شیعه‌شناسی، تاریخ و فرق تشیع، علوم سیاسی، و مطالعات ملل اسلامی.

گروه تاریخ اسلام

این گروه رشته‌ای به نام تاریخ اسلام دارد که در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو می‌پذیرد. دروس ارائه‌شده در این گروه بر بررسی رخدادها و اندیشه‌های جهان اسلام از آغاز تاکنون متمرکز است. از مباحث تدریس‌شده در این گروه می‌توان به تاریخ امویان، تاریخ عباسیان، تاریخ شیعه، تاریخ در قرآن و نهج‌البلاغه، و تاریخ امپراتوری عثمانی اشاره کرد.

دانش‌آموختگان این گروه با نگارش مقالات علمی‑پژوهشی و پایان‌نامه، پژوهش‌هایی انجام می‌دهند که می‌تواند گامی مهم در تسهیل گفت‌وگوی ادیان باشد. به‌این‌ترتیب، فارغ‌التحصیلان این گروه با شناختی عمیق از تاریخ پرفرازونشیب اسلام، به‌عنوان نیروی متخصص در مراکز فرهنگی، علمی و تبلیغی فعالیت می‌کنند.

رشته‌های این گروه:

 کارشناسی ارشد: تاریخ اسلام، تاریخ و تمدن ملل اسلامی

 دکتری: تاریخ اسلام

گروه مطالعات اسلامی به زبان خارجی

این گروه دارای رشته‌ای به نام «مطالعات اسلامی به زبان خارجی» در مقطع کارشناسی ارشد است. هدف آن تربیت فارغ‌التحصیلانی است که با درک عمیق از اسلام به زبان انگلیسی، بتوانند مفاهیم اسلامی را به جهان معرفی کنند. تمام دروس این گروه به انگلیسی ارائه می‌شود.

محتوای دروس بیشتر بر مطالعات شیعی متمرکز است و با رویکردی جامع و کلان به تشیع، هرچند با اهداف تبلیغی و ترویجی، طراحی شده است. از مباحث تدریس‌شده: «مطالعات اسلامی در غرب»، «علوم قرآن و حدیث»، «الهیات تطبیقی»، «روش‌شناسی معارف اسلامی»، «نظام حقوقی اسلام»، «فلسفه» و … .

گروه علوم قرآنی

این گروه بر مطالعات نظری علوم قرآنی متمرکز است و هدف آن تربیت محققانی است که با شناخت عمیق قرآن، دیدگاه‌های صحیح و مستند به آیات و روایات معتبر را تبیین کنند. از مباحث تدریس‌شده: مبانی و روش تفسیر، مفردات و اعلام قرآن، تاریخ حدیث، تاریخ قرآن، اعجاز قرآن، تفسیر موضوعی، و نقد و بررسی مکاتب و روش‌های تفسیری.

رشته‌های این گروه:

 کارشناسی ارشد: علوم قرآنی، تفسیر و علوم قرآن

 دکتری: علوم قرآن و حدیث (با امکان پژوهش‌محور)

گروه شیعه‌شناسی

این گروه با رویکردی کلامی‑تاریخی به شناخت شاخه‌های مختلف تشیع، اعم از فرقه‌های زنده یا منقرض‌شده، می‌پردازد. دروس آن جنبه‌ی نظری دارند و هدف اصلی، نگاهی جامع به تشیع با رویکرد علمی و کشف حقایق کلامی و تاریخی است، نه صرفاً تبلیغی؛ هرچند دانش‌آموختگان توانایی تبلیغ معارف شیعی را نیز کسب می‌کنند. از مباحث تدریس‌شده: مفهوم و تاریخ پیدایش تشیع، آموزه‌های شیعه با رویکرد شبهه‌پژوهی، مکاتب کلامی شیعه، شیعه و علوم و تمدن اسلامی، تشیع و عقل‌گرایی، امامت و شبهات کلامی‑تاریخی، و تاریخ کلام شیعه.

رشته‌ها:

 کارشناسی (غیرحضوری): شیعه‌شناسی

 کارشناسی ارشد: شیعه‌شناسی گرایش کلام، شیعه‌شناسی گرایش جامعه‌شناسی (حضوری و مجازی)

 دکتری: شیعه‌شناسی، کلام شیعه گرایش امامت

گروه تاریخ و فرق تشیع

این گروه بر شناخت فرق و گرایش‌های مختلف شیعی، تاریخ شیعه و نقش فرهنگی‑تمدنی آنها تمرکز دارد تا هویت وحیانی و عقلانی اسلام و تشیع را معرفی کند. دروس آن جنبه‌ی نظری و روش‌شناختی دارد. از مباحث تدریس‌شده: تاریخ تحلیلی امامان، فرق منشعب از تشیع، تاریخ سیاسی شیعه، شیعه و تمدن اسلامی، شیعه در مطالعات مستشرقان، تاریخ زیدیه، تاریخ اسماعیلیه، و تاریخ امامیه.

رشته‌ها:

 کارشناسی ارشد: فرق تشیع، تاریخ تشیع اثنی‌عشری (حضوری و مجازی)

 دکتری: فرق تشیع، تاریخ تشیع اثنی‌عشری (با امکان پژوهش‌محور)

گروه علوم سیاسی

این گروه در مقطع کارشناسی ارشد در رشته «علوم سیاسی» دانشجو می‌پذیرد. دروس آن به مباحث سیاسی و حقوقی می‌پردازد و دانشجویان بیشتر به تاریخ سیاسی، علوم سیاسی و حقوق علاقه دارند. موضوعات شامل سیستم‌های حکمرانی، تحلیل فعالیت‌های سیاسی، اندیشه‌های سیاسی، قانون اساسی و رفتار سیاسی است. اندیشمندان این حوزه معمولاً در یکی از شاخه‌های سیاست تطبیقی (شامل مطالعات منطقه‌ای)، روابط بین‌الملل، فلسفه و اندیشه سیاسی، ادارهٔ عمومی و حقوق عمومی فعالیت می‌کنند.

گروه مطالعات ملل اسلامی

این گروه به بررسی وضعیت اجتماعی‑فرهنگی کشورهای اسلامی و تحلیل تحولات سیاسی‑اجتماعی جهان اسلام، از جمله عوامل، ریشه‌ها و ظرفیت‌ها می‌پردازد. پژوهش‌های آن با تمرکز بر تحولات فکری، سیاسی و اجتماعی معاصر (از صفویه به‌بعد) طراحی شده تا مبانی نظری و پیشینهٔ تاریخی انقلاب اسلامی ایران و چشم‌انداز تشکیل تمدن اسلامی را تبیین کند.