دانشکده تاریخ از سال 1400 به صورت یک دانشکده‌ی مجزا با یک گروه علمی به نام تاریخ اسلام فعالیت خود را آغاز نمود. پیش از آن، رشته تاریخ اسلام در دو مقطع کارشناسی ارشد و دکتری در دانشکده مذاهب اسلامی ذیل گروه تاریخ تشیع ارائه می‌شد. دانشکده تاریخ بر مطالعات تاریخی تمرکز دارد. شناخت علمی، حق‌طلبانه، آزاد اندیشانه و در عین حال نقادانه‌ی تاریخ اعم از تاریخ جهان و تاریخ اسلام در این دانشکده به صورت تخصصی مورد آموزش و پژوهش قرار می‌گیرد. در حقیقت تمرکز اصلی این دانشکده ایجاد آمادگی ذهنی در دانش‌پژوهان برای شناخت عمیق ادوار مختلف تاریخی است. از مهمترین اهداف این دانشکده این است که دانش‌پژوهان به گونه‌ای آموزش ببینند که علاوه بر بدست آوردن دانش نظری در خصوص برهه‌های مختلف تاریخی، بتوانند درکی صحیح از منطق تحولات تاریخی در اعصار و نقاط مختلف جهان بدست آورند.

در حال حاضر این دانشـکده با یک گروه به نام تاریخ اسلام و یک رشـته‌ به نام «تاریخ اسلام» در مقطع کارشناسی ارشد و دکتري فعالیت می‌کند. اما در آینده‌ی نزدیک گروه‌های دیگری همچون تاریخ تمدن و تاریخ علم و تاریخ تشیع نیز به این دانشکده افزوده خواهد شد. آموزش در دانشکده تاریخ به زبان‌های فارسی، عربی، و انگلیسی انجام می‌شود. در این دانشکده طی برنامه‌های زمان‌بندی شده و مرتب نشست‌های علمی ترویجی در خصوص موضوعات مربوط به تاریخ برگزار می‌شود. علاوه بر این، با حمایت مسئولین دانشکده و با حضور فعال دانشجویان، انجمن‌های علمی در این دانشکده جهت برگزاری جلسات علمی و سخنرانی متعدد در موضوعات مربوط به تاریخ، مخصوصا تاریخ اسلام، به زودی فعالیت‌شان را آغاز خواهند.

دانش‌آموختگان این دانشکده علاوه بر تدریس در دروس رشته‌ها‌ی تاریخی در قالب اساتید عضو هیئت علمی یا مدعو، در حوزه ابعاد گوناگون تاریخ می‌توانند به تحقیق و پژوهش بپردازند.

پذیرش غیر ایرانیان در دانشکده تاریخ با پذیرش کسانی که تابعیت ایرانی دارند متفاوت است. تمام کسانی که تابعیت ایرانی دارند از طریق آزمون پذیرش می‌شوند اما غیر ایرانیان بدون آزمون و با ارسال مدارک مورد نظر دانشگاه می‌توانند در این دانشکده برای تحصیل در رشته مورد نظر خود اقدام کنند. درخواست پذیرش در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری این دانشکده توسط هیئت علمی گروه‌ علمی تاریخ بررسی می‌شود و پس از بررسی درخواست از طریق بررسی رزومه، سطح علاقه‌مندی و … موافقت یا عدم موافقت با درخواست اعلام می‌شود. در صورت اعلام موافقت، دانشجو می‌تواند با ارائه مدارک درخواستی دانشگاه، در رشته مورد نظر خود مشغول به تحصیل شود.

آموزش در دانشکده تاریخ در هر دو مقطع کارشناسی ارشد و دکتری به صورت حضوری است و آموزش مجازی برای هیچ رشته و مقطعی ارائه نمی‌شود. در این دانشکده دکتری به صورت پژوهش محور نیز ارائه می‌شود. در تحصیل به شیوه پژوهش محور دانشجو از طریق پروپوزال پذیرش می‌شود و سپس از طریق تحقیق و ارتباط با اساتید راهنما و مشاور که به تشخیص اساتید به صورت مجازی یا حضوری انجام می‌شود پایان نامه‌ی خود را انجام و ارائه می‌دهد. ریاست دانشکده تاریخ بر عهده دکتر سید محمد حسینی است و مدیریت گروه تاریخ اسلام را دکتر محمد محسن مروجی طبسی بر عهده دارد.