دانشکده شیعه‌شناسی از سال 1387 همزمان با تأسیس دانشگاه ادیان و مذاهب کار خود را آغاز کرد. این دانشکده در کنار دو دانشکده ادیان و دانشکده مذاهب اسلامی در زمره سه دانشکده‌ی نخست دانشگاه ادیان ومذاهب قرار دارد. این دانشکده بر مطالعات حوزه کلام شیعه تمرکز دارد. در این دانشکده تاریخ کلام شیعه و اندیشه کلامی شیعه مستقلاً یا در مقایسه با ادیان و مذاهب دیگر به صورت تخصصی مورد آموزش و پژوهش قرار می‌گیرد. تاریخ اجتماعی، سیاسی، فرهنگی و اقتصادی شیعه، فرق مختلف تشیع از قبیل زیدیه، اسماعیلیه، نصیریه و فرق منقرض شیعه مانند فتحیه و کیسانیه از جمله مطالب آموزشی است که در این دانشکده تدریس می‌شود.

از مهمترین اهداف این دانشکده این است که دانش‌پژوهان، دانش نظری و روحیه پژوهشی در خصوص آموزه‌ها و تعالیم شیعه، بدست آورند. دانش‌آموختگان این دانشکده در قالب مقالات علمی پژوهشی و پایان نامه، پژوهش‌هایی را به سامان می‌رسانند که می‌تواند گام بزرگی در ارائه منظرهای نو از آموزه‌های تشیع و تعالیم اهل بیت باشد. به این ترتیب در پایان دوران تحصیل محققینی در این دانشکده تربیت می‌شوند که می‌توانند به تقویت تفکر دینی و عمق بخشیدن به تعالیم دینی بپردازند و روحی خلاق در زمینه‌های فرهنگی ناظر بر گفتگوی مذاهب و صلح جهانی داشته باشند. دانش‌آموختگان این دانشکده علاوه بر تدریس در دروس رشته‌های شیعه‌شناسی در قالب اساتید عضو هیئت علمی یا مدعو، در حوزه‌های تاریخ، اندیشه و کلام شیعه می‌توانند به تحقیق و پژوهش بپردازند.

در حال حاضر این دانشـکده در رشـته «شیعه‌شناسی» در مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتري و در رشته‌هاي «تاریخ تشیع»، و « فرق تشیع» در مقطع کارشناسی ارشد و در رشته «تاریخ تشیع اثنی عشری» در مقطع دکتری دانشجو می‌پذیرد. آموزش در دانشکده شیعه‌شناسی به زبان‌های فارسی، عربی، و انگلیسی انجام می‌شود. در این دانشکده طی برنامه‌های زمان‌بندی شده و مرتب نشست‌های علمی ترویجی در خصوص موضوعات مربوط به شیعه‌شناسی برگزار می‌شود. «انجمن دانشجویی شیعه‌شناسی» یکی از انجمن‌های فعال این دانشکده است که جلسات علمی و سخنرانی متعددی را در دانشکده برگزار می‌کند.

آموزش در دانشکده شیعه‌شناسی در بیشتر رشته‌ها و مقطع‌ها علاوه بر حضوری به صورت مجازی نیز انجام می‌گیرد. در این دانشکده رشته‌های دکتری به صورت پژوهش محور نیز ارائه می‌شود. در تحصیل به شیوه پژوهش محور دانشجو از طریق پروپوزال پذیرش می‌شود و سپس از طریق تحقیق و ارتباط با اساتید راهنما و مشاور که به تشخیص اساتید به صورت مجازی یا حضوری انجام می‌شود پایان نامه‌ی خود را انجام و ارائه می‌دهد.

پذیرش غیر ایرانیان در دانشکده شیعه‌شناسی با پذیرش کسانی که تابعیت ایرانی دارند متفاوت است. تمام کسانی که تابعیت ایرانی دارند از طریق آزمون پذیرش می‌شوند اما غیر ایرانیان بدون آزمون و با ارسال مدارک مورد نظر دانشگاه می‌توانند در این دانشکده برای تحصیل در رشته مورد نظر خود اقدام کنند. درخواست پذیرش در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری رشته‌های این دانشکده توسط هیئت علمی گروه‌های علمی بررسی می‌شود و پس از بررسی درخواست از طریق بررسی رزومه، سطح علاقه‌مندی و … موافقت یا عدم موافقت با درخواست اعلام می‌شود. در صورت اعلام موافقت، دانشجو می‌تواند با ارائه مدارک درخواستی دانشگاه، در رشته مورد نظر خود مشغول به تحصیل شود.

دانشکده شیعه‌شناسی در حال حاضر دارای دو گروه «کلام شیعه»، و «تاریخ و فرق تشیع» است. گروه «کلام شیعه» دارای دو رشته «شیعه‌شناسی» و «شیعه‌شناسی گرایش کلام شیعه»، و گروه «تاریخ و فرق تشیع» دارای سه رشته به نام «تاریخ تشیع»، «فرق تشیع»، و «تاریخ تشیع اثنی عشری» می‌باشد. ریاست دانشکده بر عهده دکتر محمد حسن نادم است. مدیریت گروه کلام شیعه بر عهده‌ی دکتر محمدرضا ملانوری، و مدیریت گروه «تاریخ و فرق تشیع» بر عهده‌ی دکتر محمد جاودان است.