آیت‏ الله اعرافی پس از گذراندن روخوانی قرآن کریم، ادبیات و احکام اولیه در دوران کودکی نزد پدر و اساتید دیگر، در سال 1349 به قم هجرت کرد و دروس کلاسیک را پی گرفت و به سال 1350 دروس حوزه را آغاز. در سال 1356 در درس خارج فقه و اصول بزرگان حوزه حاضر شد. او از در درس خارج فقه و اصول اساتیدی چون آیت‏ الله العظمی حاج شیخ مرتضی حائری^(ره)، آیت‏ الله العظمی فاضل لنکرانی^(ره)، آیت‏‌الله العظمی وحید خراسانی^{(دامت برکاته)} و آیت‏‌الله العظمی جواد تبریزی^(ره) بهره برد و در درس تفسیر قرآن آیت‏ الله میرزا علی مشکینی^(ره) و هیئت علامه حسن‏‌زاده آملی^{(حفظه ‏الله)} شرکت جست. او طی سال‌های تحصیل از شرکت در دروس فلسفی بازنماند و اسفار اربعه، برهان شفا، فصوص ا‏الحکم و تمهید القواعد را نزد آیت‏‌الله جوادی آملی^{(دامت برکاته)} و بخشی از اسفار را نزد آیت‏‌الله شهید مطهری^(ره) آموخت و از علامه مصباح یزدی^(ره) در مباحث فلسفه بهره برد.