دانشگاه ادیان و مذاهب در 28 رشته در مقطع کارشناسی ارشد به صورت حضوری و غیرحضوری دانشجو می‌پذیرد. علاقه‌مندان می‌توانند در مجموعه‌های فلسفه و کلام (1113)،‌ فقه و حقوق (1112)، ادیان (1114)، تاریخ (1107)، مطالعات زنان (1137)، فلسفه (1116)، علوم ارتباطات اجتماعی (1138) و هنرهای پژوهشی و صنایع دستی (1359) نسبت به ثبت‌نام برای شرکت در آزمون سراسری کارشناسی ارشد از طریق سازمان سنجش آموزش کشور اقدام کنند.

هم‌چنین امکان تحصیل به صورت غیرحضوری برای برخی رشته‌ها فراهم شده است و دانشجویان می‌توانند بدون حضور در کلاس و از طریق اینترنت و به صورت غیرحضوری به تحصیل ادامه دهند.

دانشگاه ادیان و مذاهب برای تسهیل در امور دانشجویان، افراد علاقه‌مند به استفاده از خوابگاه را به خوابگاه‌های خودگردان و خوابگاه‌های دانشگاه‌های دیگر طبق تفاهم‌نامه‌های دوجانبه معرفی می‌کند.

هم‌چنین امکان تأمین وام‌های بلندمدت حین تحصیل و بعد از تحصیل نیز برای دانشجویان فراهم شده است.

شرکت در سفرهای علمی داخلی و خارجی، برگزاری نشست‌های علمی داخلی و خارجی از جمله مزیت‌های تحصیل در دانشگاه ادیان و مذاهب است.