مباحث مربوط به علوم انسانی، مبتنی بر مبانی فلسفی خاص خود است. عبور از این مبانی به منزله نبودن آن‌ها نیست. بنابراین هرگونه نظریه‌پردازی جنسیت یا نقد نظریات موجود در زمینه جنسیت، مستلزم شناخت و بررسی و توجه به مبانی هستی‌شناختی، انسان‌شناختی و معرفت‌شناختی آن است که مبنای دین‌شناختی نیز به نظریات جنسیتی مرتبط با دین اضافه می‌گردد.

گروه فلسفه، الهیات و جنسیت می‌کوشد ضمن بررسی مبانی فلسفی نظریه‌های  جنسیت، مبانی فلسفه اسلامی را در راستای تولید نظریه‌های بومی و اسلامی به کار گیرد. ورود به عرصه فلسفه‌های مضاف و نظریه‌پردازی جنسیت در امتداد فلسفه اسلامی مورد دغدغه این گروه است.