دانشکده مذاهب اسلامی از سال 1384 جذب دانشجو را در مقطع کارشناسی ارشد آغاز نمود و به لحاظ تاریخ تاسیس (در کنار دانشکده ادیان و دانشکده شیعه‌شناسی) در زمره سه دانشکده‌ی نخست دانشگاه ادیان ومذاهب شمرده می‌شود. این دانشکده بر مطالعات حوزه مذاهب و فرقه‌های اسلامی تمرکز دارد. مذاهب اسلامی در هر سه بعد تاریخی، فقهی و کلامی در این دانشکده به صورت تخصصی مورد آموزش و پژوهش قرار می‌گیرد. در حقیقت تمرکز اصلی این دانشکده ایجاد آمادگی ذهنی در دانش‌پژوهان برای درک هر چه بیشتر و همدلانه‌تر از پیروان مذاهب مختلف است تا از رهگذر این شناخت، درک عمیق‌تری نسبت به مذهب خود نیز بدست آوردند.

از مهمترین اهداف این دانشکده این است که دانش‌پژوهان به گونه‌ای آموزش ببینند که علاوه بر بدست آوردن دانش نظری در خصوص آموزه‌ها و تعالیم مذاهب مختلف اسلامی، صلح ذهنی و درونی با دیگریِ مذهبی را نیز در خود نهادینه کند. دانش‌آموختگان این دانشکده در قالب مقالات علمی پژوهشی و پایان نامه، پژوهش‌هایی را به سامان می‌رسانند که می‌تواند گام بزرگی در ارائه منظرهای نو از آموزه های مذاهب اسلامی باشد. به این ترتیب در پایان دوران تحصیل محققینی در این دانشکده تربیت می‌شوند که می‌توانند به تقویت تفکر دینی و عمق بخشیدن به تعالیم مذهب خاص خود بپردازند و روحی خلاق در زمینه‌های فرهنگی ناظر بر گفتگوی مذاهب و صلح جهانی بین مذاهب مختلف اسلامی داشته باشند.

دانش‌آموختگان این دانشکده علاوه بر تدریس در دروس رشته‌های مذاهب اسلامی در قالب اساتید عضو هیئت علمی یا مدعو، در حوزه‌های مذاهب مختلف اسلامی اعم از فقهی یا کلامی می‌توانند به تحقیق و پژوهش بپردازند. همچنین این دانش آموختگان می‌توانند به عنوان نیروی انسانی آگاه به فرق و مذاهب اسلامی در جهت برقراری ارتباط و گفتگو با اندیشمندان و پیروان مذاهب مختلف اسلامی نقش ایفا کنند.

در حال حاضر این دانشـکده در رشـته‌های «مذاهب فقهی (مطالعات تطبیقی مذاهب اسلامی)»، «مذاهب کلامی»، «مذاهب اسلامی گرایش تقریب» و «وهابیت شناسی» در مقطع دکتري و در رشته‌هاي «مذاهب فقهی»، «فقه مقارن و حقوق عمومی اسلامی»، «فقه مقارن و حقوق جزای اسلامی» و «مذاهب اسلامی» در مقطع کارشناسی ارشد و نیز در رشته «فقه و حقوق اسلامی» در مقطع کارشناسی دانشجو می‌پذیرد. آموزش در دانشکده مذاهب اسلامی به زبان‌های فارسی، عربی، و انگلیسی انجام می‌شود. در این دانشکده طی برنامه‌های زمان‌بندی شده و مرتب نشست‌های علمی ترویجی در خصوص موضوعات مربوط به مذاهب اسلامی برگزار می‌شود. «انجمن دانشجویی مذاهب اسلامی» یکی از انجمن‌های فعال این دانشکده است که جلسات علمی و سخنرانی متعددی را در دانشکده برگزار می‌کند.

آموزش در دانشکده مذاهب اسلامی علاوه بر آنکه در تمام رشته‌ها و مقاطع به صورت حضوری برگزار می‌شود، در رشته «فقه و حقوق اسلامی» در مقطع کارشناسی و در رشته «مذاهب فقهی» و «مذاهب اسلامی» در مقطع کارشناسی ارشد به صورت مجازی نیز برگزار می‌گردد. در این دانشکده رشته‌های دکتری به صورت پژوهش محور نیز ارائه می‌شود. در تحصیل به شیوه پژوهش محور دانشجو از طریق پروپوزال پذیرش می‌شود و سپس از طریق تحقیق و ارتباط با اساتید مشاور و راهنما که به تشخیص اساتید به صورت مجازی یا حضوری انجام می‌شود پایان نامه‌ی خود را انجام و ارائه می‌دهد.

پذیرش غیر ایرانیان در دانشکده مذاهب اسلامی با پذیرش کسانی که تابعیت ایرانی دارند متفاوت است. تمام کسانی که تابعیت ایرانی دارند از طریق آزمون پذیرش می‌شوند اما غیر ایرانیان بدون آزمون و با ارسال مدارک مورد نظر دانشگاه می‌توانند در این دانشکده برای تحصیل در رشته مورد نظر خود اقدام کنند. درخواست پذیرش در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری رشته‌های این دانشکده توسط هیئت علمی گروه‌های علمی بررسی می‌شود و پس از بررسی درخواست از طریق بررسی رزومه، سطح علاقه‌مندی و … موافقت یا عدم موافقت با درخواست اعلام می‌شود. در صورت اعلام موافقت، دانشجو می‌تواند با ارائه مدارک مورد نظر دانشگاه، در رشته مورد نظر خود مشغول به تحصیل شود.

دانشکده مذاهب اسلامی در حال حاضر دارای دو گروه «حقوق و فقه مقارن»، و «مذاهب اسلامی» می‌باشد. گروه «حقوق و فقه مقارن» دارای پنج رشته «فقه و حقوق اسلامی»، «مذاهب فقهی»، «فقه مقارن و حقوق عمومی اسلامی»، «فقه مقارن و حقوق جزای اسلامی» و «مذاهب فقهی (مطالعات تطبیقی مذاهب اسلامی)» است. گروه «مذاهب اسلامی» دارای چهار رشته به نام «مذاهب اسلامی»، «مذاهب کلامی» و «مذاهب اسلامی گرایش تقریب» و «وهابیت شناسی» است. ریاست دانشکده بر عهده دکتر اکبر باقری است. مدیریت گروه «حقوق و فقه مقارن» بر عهده‌ی دکتر رضا اسلامی، و مدیریت گروه «مذاهب اسلامی» بر عهده‌ی دکتر ابراهیم قاسمی است.